Місто Пологи виникло наприкінці XIX століття, під час спорудження залізниці, яка з’єднувала морський порт Бердянська з Донбасом і Харковом.
Спочатку, у 1887 році, виник грабарський пункт. З 1890 року, між ним і річкою Кінська з’явилося кілька будинків, у яких проживали будівельники та працівники залізниці. З 1894 року тут вже почали працювати ремонтні залізничні майстерні і було побудовано залізничну станцію Пологи.
Назва «Пологи» у багатьох місцях означає «степова западина», «рівнинні луки та сіножаті», але, ймовірніше, що назва пішла від однойменних сіл Пологи-Вергуни, Пологи-Яненки Київської губернії, звідки прибули перші переселенці. У 1887 році, під час будівництва залізничної лінії Катеринослав — Бердянськ, було засновано село, яке пізніше злилося зі слободою Нові Пологи, що розташоване за 3 км. Працьовите село ввійшло до складу Олександрівського повіту Катеринославської губернії і було названо Пологи.
1904 року станція Пологи стала найважливим залізничним вузлом, було відкрито рух поїздів за маршрутом Катеринослав — Бердянськ, Олександрівськ — Волноваха.
1905 року на станції Пологи збудували нове локомотивне депо, діяло кілька шевських і швейних майстерень, близько десятка магазинів і шинків. Пологівці брали участь у революційних подіях 1905 року, на залізничній станції та майже в кожному населеному пункті виникали соціал-демократичні гуртки, проходили страйки. Напередодні Жовтневого перевороту 1917 року в невеликий амбулаторії працював один фельдшер і діяла одна аптека. На початку XX століття була відкрита початкова, а потім — церковно-парафіяльна школа.
1923 року був утворений Пологівський район, а з 1933 року село Пологи було перейменоване на Чубарівку — на честь першого голови українського уряду Власа Чубаря і віднесено до категорії селище міського типу. У 1937 році селище міського типу Чубарівка знову було перейменоване в Пологи і отримало статус міста.
У селищі Пологи діяв цегельний завод, локомотивне депо, 2 млини, олійниці. Створюється машинно-тракторна станція, яка вже в перший рік свого існування мала 24 трактори, 5 автомашин, 6 молотарок.
У 1930-ті роки у селищі діяло дві семирічні та три початкові школи, у яких працювало 48 педагогів та навчались 820 учнів. З 1931 року почало діяти ремісниче училище (в подальшому СПТУ № 13), у якому готували кадри для роботи на залізниці. Центром культурного життя були клуб залізничників, клуб колективіста на 300 місць, народний будинок культури із залом для глядачів на 600 місць. Районна бібліотека володіла 12-тисячним книжковим фондом і обслуговувала за рік близько 2,5 тисячі читачів. Про здоров’я населення піклувалася залізнична лікарня на 50 ліжок, дитяча консультація, діяв ветеринарний пункт.
20 травня 1934 року центр Чубарівського району перенесено до селища Гуляйполе, та вже 17 лютого 1935 року знову повернуто до Чубарівки. У грудні 1938 року селище міського типу Чубарівка віднесено до категорії міст районного підпорядкування і водночас йому було повернуто стару назву — Пологи (Пологівський район).
5 жовтня 1941 року радянські війська відійшли з міста. Під час німецько-радянської війни було зруйновано залізничний вузол, завод «Коагулянт», каоліновий рудник, маслозавод, млин, школи, лікарні, будинок культури, адміністративні і житлові будинки. За роки війни було знищено 700 жителів (у тому числі 165 дітей). На каторжні роботи до Німеччини було вивезено близько тисячі молодих людей. Більше тисячі пологівців не повернулися з фронту.
За мужність і героїзм сотні пологівців були нагороджені орденами і медалями. Двом пологівцям присвоєні звання Героя Радянського Союзу: помічнику машиніста паровоза Швею Якову Яковичу і понтонерами 5-го окремого трудового моторизованого понтонно-мостового полку 65-ї армії Чеберку Івану Івановичу.
14 травня 2015 року демонтували пам’ятник Леніну на центральній площі Полог. 40 років було відведено долею пологівському пам’ятникові. Його встановили у 1975 році напроти будівлі районного комітету Комуністичної партії України (нині — будівля Пологівського районного суду). Тоді гроші на пам’ятник збирали усім містом. Досі так і невідомо, яка була вага пам’ятника та з чого він був зроблений.
19 лютого 2016 року Пологівський міський голова Юрій Коноваленко підписав розпорядження про перейменування 48 вулиць та провулків у місті Пологи, які в рамках декомунізації мали змінити свої топонімічні назви.
У вересні 2018 року в Запорізькій області пройшла археологічна експедиція. На околицях міста Пологи проводилися археологічні розкопки. Археологами були досліджені чотири кургани бронзового століття (кінець IV — початок I тис. до н. е.). Там дослідники виявили велику кількість цінних знахідок.
